Tutoriel PubMed

Écrit par Adrien Guilloteau le . Publié dans Tutoriels

Description de PubMed/MedLine

PubMed est le principal portail de recherche d'article scientifique dans le domaine biomédical, il s'appuie sur :

  • Les références de la bases de données MEDLINE : base bibliographique biomédicale gérée par la National Library of Medicine (NLM - US). Cette base comporte environ 22 millions de références remontant jusqu'à 1946 (voir au delà). Les journaux intégrés à cette base sont selectionnés par un comité spécialisé qui s'appuie sur des critères de qualités scientifique. Actuellement environ 5600 journaux, de 40 langues différentes (mais essentiellement en anglais - 93% des articles en 2010), sont indexés. Environ 3000 nouvelles références sont ajoutés à MEDLINE chaque jour.
    Cette base utilise le thésaurus Medical Subject Headings ou MeSH, dont l'utilisation est décrite ci-dessous.
  • Des références datant d'avant la date limite de référencement de MEDLINE (1946).
  • Des références de journaux indexés anterieures à leur indexation.
  • Des références trop récentes pour avoir déjà été indexés dans MEDLINE.
  • Les articles de PubMed Central. Service géré par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) qui permet d'archiver des articles scientifiques complets (au contraire de PubMed qui n'heberge que des métadonnées et un lien vers l'hebergeur de l'article complet).

Au total PubMed comporte environ 25 millions de références d'articles biomédicaux, dont la moitié comporte un lien vers l'article complet.

Le thésaurus MeSH

Le MeSH, comme énoncé précédemment est le thésaurus de PubMed. La très grande majorité des article indexés dans PubMed comporte des mots-clés renseignés lors de leurs indexations. L'utilisation de ces mots/clés permet d'obtenir rapidement du contenu pertinent en utilisant le/les mots-clés adaptés à la recherche et limite le problème des synonymes (un seul terme accepté par concept). L'utilisation du thésaurus MeSH est très fortement conseillée pour toute recherche.

L'utilisation du MeSH commence par la recherche du mot clé adapté, et elle se fait à travers une interface similaire à la recherche dans pubmed disponible à cette adresse : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh (ou accessible à partir de la liste déroulante de l'interface pubmed - entouré par le rectangle sur l'image ci-dessous).

 PubmedListeAdvanced

Il suffit de taper n'importe quel mot pour avoir accès à une liste de mots clés pouvant correspondre à la recherche, par ordre de pertinence (voir l'exemple ci-dessous). Noter que si le mot tapé correspond à un mot-clé MeSH (ou à un synonyme courant), il sera directement reconnu en tant que tel, comme en témoigne l'encart Search details à droite (cet encart correspond à une traduction de ce qui a été tapé dans la barre de recherche dans le langage du moteur de recherche). L'encart Pubmed Search Builder toujours sur la barre de droite sera utilitsée pour la construction d'une recherche dans PubMed (voir ci-dessous).

MeshExempleListe

Il existe trois balise MeSH :

  • [MeSH Terms] (ou [Mesh]) : correspond à n'importe quel mots-clés
  • [MeSH Major Topic] (ou [MAJR]) : correspond uniquement aux mot-clés liés au sujet principal de l'article (identifié par une * dans la liste des mots-clés)
  • [MeSH Subheading] (ou [sh]) : correspond à un domaine/méthodologie/point de vue qui peut s'appliquer à de nombreux mot-clés (ex : psychology, epidemiology...). Il peut être rattaché à un mot-clé sous la forme "mot-clé/subheading"[Mesh] (ex : "Physicians/psychology"[Mesh] - correspondant à l'abord psychologique du métier de généraliste).

Lors de la construction de la recherche la casse au sein des balises n'a pas d'importance.

arboMeshAIDS

Un bon moyen de trouver des mots-clés MeSH proches (affections de même groupe, recherche de mots-clés englobant un plus grand nombre de pathologies...) de ceux que l'on a trouvé est de parcourir l'arborescence du thésaurus. Elle est disponible en bas de page d'un mot MeSH. Un mot MeSH peut être disponible à plusieurs endroits de l'arborescence du thésaurus (voir figure ci-contre).

En plus de l'outil de recherche MeSH, des outils de traduction français/anglais du MeSH existent :

Construction d'une recherche

La construction d'une recherche est basée sur la stratégie de recherche défini pour répondre à la question. Cette dernière délimite les articles concernés par la recherche en précisant :

  • Le sujet de la façon la plus précise possible
  • La période de publication
  • La langue de publication
  • Le type d'article (revue, report de cas, essai clinique, essai contrôlé randomisé...)
  • Parfois les journaux à inclure/exclure
  • L'accessibilité (pour raison budgétaires, souvent ne sont inclus dans les stratégies de recherche que les articles dont le texte complet est accessible par les identifiants universitaires ou INSERM - cependant ce point n'est pas toujours déclaré de façon explicite)
  • Le type d’espèce étudiés (bien que pubmed ne soit pas initialement une base de données vétérinaire, de nombreux articles de journaux dédiés à la santé animale sont indexés)
  • ...

Si certains de ces critères sont accessibles par l'utilisation du thésaurus MeSH (ex: espèces : "human"[mesh]), d'autres utilisent des balises différentes :

  • [pdate] pour la date de publication
  • [ptyp] pour le type de publication
  • [au] pour le nom de l'auteur
  • [ti] pour le champs titre
  • [journal] pour le nom du journal
  • [tw] pour une recherche dans les champs de texte
  • Accessibilité : "loattrfull text"[sb] (texte complet) / "loattrfree full text"[sb] (texte complet accessible gratuitement)
  • Et enfin [All Fields] qui correspond à une recherche classique (tous les champs de l'article sont analysés pour voir si le critère demandé est présent)

L'ensemble de la recherche est structurée par l'utilisation de parenthèses et par les opérateurs booléens : AND, OR, NOT. L'utilisation de AND permet de retourner les articles qui correspondent aux critères présents de chaque côté de l'opérateur. L'utilisation de OR permet de retourner les articles qui correspondent au critère situé avant l'opérateur ou au critère située après l'opérateur, ou aux deux critères. L'utilisation de NOT permet d'exclure les articles dans lequel est présent le critère suivant l'opérateur.

Les parenthèses permettent d'emboiter les critères afin de faire des recherches complexes : (x OR y) AND z donnera un résultat différent de x OR (y AND z).

Une fois ces bases posées on peut construire la recherche. Pour ce faire il existe principalement trois moyens :

  • La barre de recherche Pubmed : pratique pour les recherches simples, mais rapidement limitée si on ne connait pas très bien les mots-clés et les balises
  • L'utilisation de l'encart Pubmed Search Builder disponible dans le moteur de recherche Mesh (voir ci-dessus) : généralement utilisé initialement afin de récupérer les mots clés adaptés avant de passer dans PubMed. Il suffit de cocher les cases située à droite des articles, de cliquer sur "Add to search builder" pour construire la recherche et "Search Pubmed" pour lancer une recherche. Il est possible d'ajouter plusieurs mots clés ensemble ou à la suite, au quel cas il faut faire attention à l'opérateur booléen sélectionné.
  • L'utilisation de la page "Advanced" (accessible par un lien sous la barre de recherche pubmed : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced) : utile quand on connait bien le domaine (la suggestion MeSH y est limitée), permet d'avoir l'ensemble du déroulement de la recherche ainsi que tous les filtres (liste déroulante avant le champs de texte) et modalités de filtres disponibles ("Show index" list après le champs de texte). Le signe "+" à la fin de la dernière ligne permet d'ajouter une nouvelle ligne/un nouveau critère. Cette méthode est limitée dans l'utilisation des parenthèses.

AdvancedPubmed

Au total les trois méthodes peuvent être utilisées de façon combinées afin d'obtenir les résultats correspondant le mieux à la stratégie de recherche définie au préalable.

Attention à l'utilisation des filtres disponible sur la sidebar gauche, ils sont sauvegardés d'une recherche à l'autre et peuvent altérer les résultats sans que l'on s'en aperçoive.

L'historique des recherches est sauvegardée automatiquement sur l'ensemble d'une session (tant que le navigateur n'est pas fermé). Pour garder les recherches effectuées de façon plus durable il faut se créer un compte PubMed.
Ce compte permet également d'être prévenu de nouveaux résultats dans une recherche enregistrée (lien "Create Alert" disponible juste en dessous de la barre de recherche).

Les résultats PubMed peuvent être exportés sous différents formats, parmis ceux disponibles le plus utile est le format CSV (format de tableur), qui permet de récupérer la liste des résultats avec les champs individualisés (titre, auteur, date de publication...). La démarche à suivre pour faire l'export est résumé ci-dessous (cliquez successivement sur les bulles dans l'ordre donné).

ExportPubMed

PubMed Commons & PubPeer

PubMed commons est le système de commentaire d'article scientifique directement intégré dans PubMed, ils sont visibles d'office. Un deuxième système de commentaires nommés PubPeer peut être installé comme plugin sur Chrome, Firefox et Safari. Ce deuxième système étant nettement plus utilisé que le système de base il est conseillé d'installer PubPeer pour pouvoir lire et participer aux débats liés aux articles scientifiques.

 

Sources et informations complémentaires (A - anglais / F - français)